Er entkam der Zerstörung des Todessterns nur knapp. 
Danach wurde er vom Kaiser mit der Jagd auf die Rebellen beauftragt und erhielt deshalb den Supersternzerstörer Executor und die Death Squadron Admiral Ozzels. Dieser behielt das Kommando bis zu seinem Tod, nach der Entdeckung der Echo-Basis auf dem Eisplaneten Hoth, wo er sich einen taktischen Fehler leistete, was ihn das Leben durch Vaders Macht kostete. 
Als die Rebellen entkamen, ließ Vader die Flotte ausschwärmen, um ihnen nachzueilen. Er verfolgte sie bis zur Wolkenstadt auf Bespin. Dort legte er einen Hinterhalt für seinen Sohn, Luke, der zuvor von Meister Yoda auf Dagobah zu einem halbfertigen Jedi ausgebildet wurde. Vader wollte Luke auf die Dunkle Seite der Macht ziehen, und mit dem Imperator vernichten, damit sie beide als Vater und Sohn die Galaxis beherrschen konnten. 

Dazu wollte er Luke Skywalker in Karbonid einfrieren. die Anlage dazu testete er vorher an Han Solo und übergab diesen dann an den Kopfgeldjäger Boba Fett. 
Es kam zum Duell zwischen Vader und Luke, im Verlaufe dessen der Dunkle Lord der Sith seinem Sohn von seiner wahren Natur und Bestimmung berichtete. 
Mit seinem Lichtschwert trennte er Lukes rechte Hand ab. 
Doch Luke ließ sich in den Reaktorschacht der Wolkenstadt fallen und glitt durch einen Entlüftungsschacht. Vader kehrte zu seinem Schiff und ins Imperiale Zentrum zurück. 

Inzwischen versuchte Prinz Xizor den Dunklen Lord beim Imperator zu diskreditieren. Der Unterlord der Schwarzen Sonne versuchte mehmals, Luke kywalker zu töten, und Vader in Verruf zu bringen. Palpatine spielte beide gegeneinander aus. Und am Schluß unterlag Xizor, als Vader mit sienem Superstrenzerstörer Exekutor Xizor´s Skyhook-Plattform im Orbit von Coruscant bombardierte. 

Bei Endor traf Vader auf dem Zweiten Todesstern ein, wo er von Commander Jerjerrod empfangen wurde und diesem offenbarte, daß der Imperator persönlich die Fertigstellung der neuen Kampfstation beaufsichtigen wolle. 
Als sein Gebieter eintraf rief er Vader zur Geduld, denn Luke Skywalker würde bald freiwillig zu seinem Vater kommen, um sich ihm zu stellen. In diesem Falle sollte Vader ihn zum Imperator bringen, damit sie ihn gemeinsam zur Dunklen Seite bekehren konnten. 

So geschah es denn auch. Luke ging auf Endor zu seinem Vater, und Vader brachte ihn auf den Todesstern, wo der Kaiser ihn bereits erwartete, um seine Ausbildung zu beenden. Doch Luke widerstand den Versuchungen der Dunklen Seite. 

Er griff jedoch mit seinem Lichtsäbel den Imperator an und Vader warf sich dazwischen. In einem zweiten Lichtschwertduell schlug Luke seinen Vater schließlich fast nieder, und der Imperator, der alles nur beobachtete kam herbei, um selbst einzugreifen. 
Luke wollte sich nicht bekehren lassen, also mußte der junge Jedi sterben. Der Kaiser ließ die Dunkle Seite der Macht in der Form tödlicher Blitze auf Luke los und gerade als Luke unter den Angriffen des Imperators zu sterben drohte, gewann der Konflikt in seinem Vater. 

Darth Vader, Anakin Skywalker, packte den greisen, b&oum;sen Herrscher, wurde von den todbringenden Blitzen getroffen, und wirbelte den Kaiser in den Reaktorschacht des Todessterns hinab, wo dieser in einer Explosion verging. 
Luke schleppte seinen Vater zur Hangarbucht, wo dieser ihn bat, das Helmvisier abzunehmen, da nichts seinen Tod jetzt noch aufhalten konnte. 
Ein letztes Mal blickte Anakin Skywalker mit seinen eigenen Augen auf das Gesicht seines Sohnes... und starb. 

Luke verbrannte den Leichnam des aus dem Dunkel geretteten Jedi auf dem Waldmond Endror.